Πιθανώς το πιο πιεστικό ζήτημα που αντιμετώπισε ο Βενέδικτος με τον Πάπα ήταν οι συνεχείς συνέπειες από τη σεξουαλική κακοποίηση παιδιών από καθολικούς ιερείς, καθώς και οι ισχυρισμοί για προσπάθεια συγκάλυψης από τη διοίκηση της εκκλησίας.
Όταν ο Βενέδικτος έγινε Πάπας το 2005, η Καθολική Εκκλησία βρισκόταν στα μέσα του α πολύ δημόσιος λογαριασμός με το ιστορικό του σεξουαλικής κακοποίησης – μια κρίση για την οποία ήταν πολύ καλά ενημερωμένος. Το 2001, ο Ιωάννης Παύλος ΙΙ εξουσιοδότησε το CDF να συγκεντρώσει όλα Διερευνήσεις και καταγγελίες κατάχρησης, οι οποίες αφαίρεσαν την εξουσία από τις τοπικές επισκοπές αφού κατέστη σαφές ότι συχνά απέτυχαν να δράσουν εναντίον των αρπακτικών ιερέων. Ως επικεφαλής του CDF, στη συνέχεια ο καρδινάλιος Ratzinger εργάστηκε για τη θέσπιση νέων διαδικασιών να καταγγέλλει και να τιμωρεί κληρικούς που κατηγορούνται για σεξουαλική κακοποίηση.
Ως Πάπας, ο Βενέδικτος έχει μιλήσει επανειλημμένα κατά της σεξουαλικής κακοποίησης παιδιών από την εκκλησία, ζητώντας συγγνώμη και αθωώνοντας τα θύματα. εκατό των ιερέων που κρίθηκαν ένοχοι. Ωστόσο, για πολλούς, το δικό του Δράσεις έπεσε, εν μέρει επειδή δεν δημοσιοποίησε τις έρευνες του Βατικανού για καταγγελίες κατάχρησης – α Έλλειψη διαφάνειας που επιτρέπει στις μητροπόλεις να κρατούν μυστικούς αυτούς τους ισχυρισμούς από τις ενορίες και τις υπηρεσίες επιβολής του νόμου.
«Σε ολόκληρη την ιστορία της Εκκλησίας, κανείς δεν ήξερε περισσότερα, αλλά έκανε λιγότερα για να προστατεύσει τα παιδιά από τον Βενέδικτο», ανέφερε το Δίκτυο Επιζώντων των Κακοποιημένων από Ιερείς (SNAP) σε μια Δήλωση το 2013, ως απάντηση στο επίτιμο κοινό του Πάπα αξίωση ότι δεν ενεπλάκη σε «συγκάλυψη» κακοποίησης γραφείων. “Ως επικεφαλής του CDF, χιλιάδες περιπτώσεις αρπακτικών ιερέων διέσχισαν το γραφείο του. Επέλεξε να προειδοποιήσει οικογένειες ή να καλέσει την αστυνομία ακόμη και για έναν από αυτούς τους επικίνδυνους κληρικούς; Όχι. Αυτό είναι, εξ ορισμού, συγκάλυψη.”
Οι φήμες για διαφθορά και μυστικές κακοτοπιές εντός της Αγίας Έδρας ταλαιπώρησαν επίσης τη θητεία του Βενέδικτου ως πάπα και το αποκορύφωμα του “VatileaksΣκάνδαλο το 2012.
Στις 10 Φεβρουαρίου 2013, ο Βενέδικτος συγκλόνισε τον κόσμο ανακοινώνοντας την παραίτησή του του παπισμού. «Αφού επανειλημμένα εξέτασα τη συνείδησή μου ενώπιον του Θεού, έχω καταλήξει στη βεβαιότητα ότι οι δυνάμεις μου, λόγω προχωρημένης ηλικίας, δεν είναι πλέον κατάλληλες για την επαρκή άσκηση της διακονίας Πέτριν», είπε στην επίσημη δήλωσή του.
Η απόφασή του να αποσυρθεί αργότερα δραματοποιήθηκε στην ταινία του 2019 Οι δύο πάπεςστο οποίο απεικονιζόταν ο Βενέδικτος Άντονι Χόπκινςο οποίος ήταν υποψήφιος για Όσκαρ για την ερμηνεία του.
Ως Επίτιμος Πάπας, ο Βενέδικτος έκανε συνειδητή προσπάθεια να μείνει μακριά από τα φώτα της δημοσιότητας. Αυτός προφανώς δεν μου αρέσει γνωστός με τόσο υψηλό τίτλο μετά την παραίτησή του και ζήτησε από άλλους να τον αποκαλούν απλώς «Πατέρα Βενέδικτο». Ωστόσο, έκανε δημόσιες εμφανίσεις σε εκδηλώσεις θεολογικής σημασίας, όπως π.χ Λειτουργία αγιοποίησης από τον Πάπα Ιωάννη ΙΓ’ και τον Πάπα Ιωάννη Παύλο Β’ ό.π 27 Απριλίου 2014.
Στις 4 Σεπτεμβρίου 2020, σε ηλικία 93 ετών, τεσσάρων μηνών και 19 ημερών, ο Βενέδικτος έγινε ο ο μακροβιότερος πάπας στην ιστορία.
